Selain itu masih terdapat manfaat lain dari penggunaan mekanisme RPATA ini yakni terdapat potensi pendapatan negara atas pengelolaan saldo dana di Rekening RPL- BUN pada Bank Indonesia (Rekening Escrow) serta menghemat waktu dan tenaga untuk mengonfirmasi keaslian/keabsahan dan menatausahakan hingga mencairkan bank garansi.
Meskipun banyak manfaat dari penggunaan mekanisme RPATA tidak dipungkiri masih terdapat kendala dalam pelaksanaannya.
Hal ini disebabkan antara lain masih minimnya pemahaman satuan kerja pengelola dana APBN mengenai mekanisme yang memang masih baru ini.
Di samping itu dukungan aplikasi yang baru merilis fitur-fitur RPATA pada saat akhir tahun anggaran menyebabkan operator aplikasi tidak mempunyai waktu yang cukup untuk mempelajari dan mempraktekkan petunjuk teknis yang sudah ada.
Secara garis besar mekanisme pembayaran atas pekerjaan pada akhir tahun anggaran yang didanai dari APBN melalui RPATA meliputi 3 (tiga) tahapan.
Pertama, penyediaan dana pada rekening penampungan (RPATA). Kedua, pembayaran kepada pihak ketiga penerima pembayaran atau penyedia barang dan jasa.
Ketiga, penihilan atas sisa dana pada rekening RPATA yang disebabkan karena prestasi pekerjaan dibawah target yang ditetapkan sampai dengan tanggal 31 Desember, atau berakhirnya masa kontrak atau masa pemberian kesempatan untuk menyelesaikan pekerjaan melewati tahun anggaran berakhir.
Untuk menentukan besaran penyediaan dana yang harus disediakan pada rekening penampungan (RPATA), Pejabat Pembuat Komitmen (PPK) harus menghitung sisa pekerjaan yang belum diselesaikan dan/atau perkiraan pekerjaan yang akan diselesaikan di antara batas akhir pengajuan tagihan kepada negara sampai dengan 31 Desember tahun anggaran berkenaan, termasuk nilai pekerjaan pemeliharaan.
